Из нововведений Постановления Верховоного Суда № 49 стоит отметить:

- решение коллизии между решениями Комиссии ЕЭК и российским правоприменением в пользу стабильности понимания правил игры  участниками ВЭД - в случае принятия Комиссией ЕЭК решений, противоречащих сложившейся правоприменительной практике государственных органов РФ (например по вопросам классификации товаров), акты последних подлежат применению до окончания срока их действия, а на участников ВЭД не может быть возложена обязанность по уплате дополнительных платежей, если они уплатили причитающиеся по ранее действовавшим актам платежи до издания Комиссией таких решений и добросовестно полагали, что обязанность по уплате таможенных платежей исполнена ими полностью;
- явным образом указано на презумпцию достоверности информации, представленной декларантом в ходе таможенного контроля, бремя опровержения которой лежит на таможенном органе;

- признана приемлемой сложившаяся уже практика представления декларантами пояснений об экономических и иных разумных причинах значительного отличия стоимости сделки с ввозимыми товарами от ценовой информации, имеющейся у таможенного органа, которые должны быть приняты во внимание при вынесении окончательного решения при контроле таможенной стоимости;

- предъявляемые к декларанту требования по подтверждению таможенной стоимости должны быть совместимы с коммерческой практикой, при этом декларант, ввозя товар по цене, значительно отличающейся от сопоставимых цен идентичных (однородных) товаров, должен заранее позаботиться о документах, подтверждающих действительное приобретение товара по такой цене и доступных для получения в условиях внешнеторгового оборота;

- фактически признано право таможенных органов на расчетное определение таможенной стоимости в рамках 1го метода, если декларант не подтвердил действительную стоимость товара в ответ на имеющуюся у таможенного органа информацию о другом уровне цен;

- определена функция суда в спорах о классификации товаров по ТН ВЭД - суд оценивает представленные доказательства, подтверждающих сведения о признаках (свойствах, характеристиках) декларируемого товара, имеющих значение для его правильной классификации и признают верной или неверной классификацию заявленную сторонами спора, но не выходит за рамки исследования заявленных сторонами кодов (не проводит классификацию самостоятельно);

- официальное признана возможность ссылаться на международную практику классификации товаров по ТН ВЭД (решения иностранных таможенных органов), а также возможность учета международных принципов регулирования, в частности о неприменении существенных штрафов при неумышленном характере ошибок, допущенных в ходе декларирования товара (напомним, что сейчас административная ответственность за недостоверное декларирование наступает независимо от формы вины декларанта или его таможенного представителя).

- определен предельный срок пересмотра вышестоящим таможенным органом решения нижестоящего органа, вынесенного в отношении декларанта в порядке проведения таможенного контроля - он ограничен общим трехлетним сроком на проведение таможенного контроля;

- еще один налоговый принцип ("осмотрительность") распространен на приобретателей незаконно ввезенного товара - они становятся солидарно обязанными плательщиками доначисленных таможенных платежей при условии, что такой приобретатель знал или должен был знать о незаконном перемещении (ввозе) товаров, проявив ту степень осмотрительности, какая от него требовалась по характеру исполняемого обязательства и условиям оборота, а также учитывая доказательств, представленных таким лицом в опровержение доводов таможенного органа;

- уведомления о не уплаченных в установленный срок суммах таможенных платежей могут быть оспорены как ненормативные акты таможенных органов, при этом суд дает оценку законности решения таможенного органа, во исполнение которого направлено соответствующее уведомление;

- признано незаконным начисление пеней на суммы доначислений таможенных платежей в случае фактического отсутствия потерь бюджета - когда одновременно в федеральном бюджете находились авансовые платежи, или излишне уплаченные/взысканные таможенные платежи, превышающих сумму доначислений;